| Modernizacja pracowni wiertniczej i płynów wiertniczych w Zespole Szkół Zawodowych Polskiego Górnictwa Naftowego i Gazownictwa w Krakowie | Małopolski Regionalny Program Operacyjny 2007-2013 | 2007-2013 | zrealizowany |
| Modernizacja sali widowiskowej NCK w celu dostosowania istniejącej infrastruktury do nowego programu | Regionalny Program Operacyjny Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| Modernizacja sieci kształcenia zawodowego poprzez doposażenie i unowocześnienie bazy dydaktycznej Centrum Kształcenia Praktycznego w Krakowie | Małopolski Regionalny Program Operacyjny 2007-2013 | 2007-2013 | zrealizowany |
| Modernizacja Teatru Łaźnia Nowa | Mechanizm Finansowy EOG oraz Norweski Mechanizm Finansowy (2009-2014) | 2007-2013 | zrealizowany |
| Modernizacja torowisk tramwajowych wraz z infrastrukturą towarzyszącą | Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko 2014-2020 | 2014-2020 | w trakcie realizacji |
| Monitorowanie jakości usług publicznych jako element zintegrowanego systemu zarządzania jednostkami samorządu terytorialnego | Program Operacyjny Kapitał Ludzki | 2007-2013 | zrealizowany |
| MOWIS - Miejski Ośrodek Wspierania Inicjatyw Społecznych w Krakowie | Norweski Mechanizm Finansowy (2004-2009) | 2004-2009 | zrealizowany |
| Multimedialna Szkoła | Europejski Fundusz Społeczny | 2004-2006 | zrealizowany |
| MURAL - Mutual Understanding, Respect and Learning | Program Komisji Europejskiej „Prawa, równość i obywatelstwo” (Rights, Equality and Citizenship programme). | 2014-2020 | zrealizowany |
| Muzeum Podgórza - oddział Muzeum Historycznego Miasta Krakowa - adaptacja nieruchomości przy ul. Powstańców Wielkopolskich 1 | Regionalny Program Operacyjny Województwa Małopolskiego 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| Nasz Kraków w Unii | Program Phare | przedakcesyjny | zrealizowany |
| NEEST - NetZero Emission and Environmentally Sustainable Territories | Horyzont 2020 | 2014-2020 | w trakcie realizacji |
| Nowa Huta – Nowa Szansa | EQUAL | 2004-2006 | zrealizowany |
| Nowe usługi w Elektronicznym Centrum Obsługi (ECO), elektroniczne archiwum i rejestry publiczne | Regionalny Program Operacyjny Województwa Małopolskiego na lata 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| Obsługa komunikacyjna Centrum Jana Pawła II | Małopolski Regionalny Program Operacyjny 2007-2013 | 2007-2013 | zrealizowany |
| Ochrona różnorodności biologicznej na terenach cennych przyrodniczo w Krakowie | Fundusze Europejskie dla Małopolski 2021-2027 | 2021-2027 | w trakcie realizacji |
| Ocieplenie i wymiana stolarki budynku użyteczności publicznej przy Al. Powstania Warszawskiego 10 | Regionalny Program Operacyjny Województwa Małopolskiego 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| Oczyszczalnia Ścieków Płaszów II w Krakowie | Fundusz Spójności | przedakcesyjny | zrealizowany |
| Od idei do zmiany – Plan Zrównoważonej Mobilności Metropolii Krakowskiej | Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| Odmienni, ale zjednoczeni - Wspólna przeszłość i budowanie przyszłości | | 2007-2013 | zrealizowany |
