| SlowFood-CE: Culture, Heritage, Identity and Food | Interreg Central Europe (Program dla Europy Środkowej) | 2014-2020 | zrealizowany |
| SMART EPC - NEXT GENERATION OF ENERGY PERFORMANCE CONTRACTING | Horyzont 2020 | 2014-2020 | w trakcie realizacji |
| Społeczna Agencja Najmu w Krakowie | Fundusze Europejskie dla Rozwoju Społecznego z FERS | 2021-2027 | w trakcie realizacji |
| Spotkajmy się na podwórku - Rewitalizacja wnętrz kwartałów zabudowy na terenie Nowej Huty | Regionalny Program Operacyjny Województwa Małopolskiego 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| SPUTNIC - Strategies for Public Transport in Cities | 6 Program Ramowy Unii Europejskiej | 2002-2006 | zrealizowany |
| STARS – Sustainable Travel Accreditation and Recognition for Schools | Inteligentna Energia - Europa | 2007-2013 | zrealizowany |
| Staż za granicą - lepszy start, równe szanse | Fundusze Europejskie dla Rozwoju Społecznego z FRSE | 2021-2027 | zrealizowany |
| Sterowanie przemysłem spotkań w Krakowie | Szwajcarsko-Polski Program Współpracy | 2007-2013 | zrealizowany |
| Strategie współpracy i włączania osób narażonych na dyskryminację i wykluczenie | Mechanizm Finansowy Europejskiego Obszaru Gospodarczego (MF EOG) na lata 2014-2021 | 2014-2021 | zrealizowany |
| Streetwork - skuteczny kontakt | Program Operacyjny Kapitał Ludzki | 2007-2013 | zrealizowany |
| Streetwork - skuteczny kontakt z klientem | Europejski Fundusz Społeczny | 2004-2006 | zrealizowany |
| Studium wykonalności budowy szybkiego, bezkolizyjnego transportu szynowego w Krakowie | | 2014-2020 | zrealizowany |
| Stypendia dla uczniów krakowskich szkół ponadgimnazjalnych | Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego 2004-2006 | 2004-2006 | zrealizowany |
| Stypendia dla uczniów krakowskich szkół ponadgimnazjalnych - rok szkolny 2005/2006. | Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego 2004-2006 | 2004-2006 | zrealizowany |
| SUITE - Budownictwo mieszkaniowe, czynnik integracji społecznej i miejskiej oraz jakości życia w mieście | Program URBACT | 2007-2013 | zrealizowany |
| SUM - SEAMLESS SHARED URBAN MOBILITY | Horyzont Europa | 2021-2027 | w trakcie realizacji |
| S.W.A-TOOL – Metodyka badania składu morfologicznego odpadów komunalnych | 5 Program Ramowy Unii Europejskiej | przedakcesyjny | zrealizowany |
| System ciepłowniczy miasta Krakowa | Fundusz Spójności | 2004-2006 | zrealizowany |
| Szkoła nauczycielką życia | Mechanizm Finansowy EOG oraz Norweski Mechanizm Finansowy (2009-2014) | 2009-2014 | zrealizowany |
| Szlak Lasów Miejskich Krakowa - ochrona najcenniejszych biocenoz przed nadmierną presją turystów | Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko 2007-2013 | 2007-2013 | zrealizowany |
