| SPUTNIC - Strategies for Public Transport in Cities | 6 Program Ramowy Unii Europejskiej | 2002-2006 | zrealizowany |
| STARS – Sustainable Travel Accreditation and Recognition for Schools | Inteligentna Energia - Europa | 2007-2013 | zrealizowany |
| Staż za granicą - lepszy start, równe szanse | Fundusze Europejskie dla Rozwoju Społecznego z FRSE | 2021-2027 | zrealizowany |
| Sterowanie przemysłem spotkań w Krakowie | Szwajcarsko-Polski Program Współpracy | 2007-2013 | zrealizowany |
| Strategie współpracy i włączania osób narażonych na dyskryminację i wykluczenie | Mechanizm Finansowy Europejskiego Obszaru Gospodarczego (MF EOG) na lata 2014-2021 | 2014-2021 | zrealizowany |
| Streetwork - skuteczny kontakt | Program Operacyjny Kapitał Ludzki | 2007-2013 | zrealizowany |
| Streetwork - skuteczny kontakt z klientem | Europejski Fundusz Społeczny | 2004-2006 | zrealizowany |
| Studium wykonalności budowy szybkiego, bezkolizyjnego transportu szynowego w Krakowie | | 2014-2020 | zrealizowany |
| Stypendia dla uczniów krakowskich szkół ponadgimnazjalnych | Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego 2004-2006 | 2004-2006 | zrealizowany |
| Stypendia dla uczniów krakowskich szkół ponadgimnazjalnych - rok szkolny 2005/2006. | Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego 2004-2006 | 2004-2006 | zrealizowany |
| SUITE - Budownictwo mieszkaniowe, czynnik integracji społecznej i miejskiej oraz jakości życia w mieście | Program URBACT | 2007-2013 | zrealizowany |
| SUM - SEAMLESS SHARED URBAN MOBILITY | Horyzont Europa | 2021-2027 | w trakcie realizacji |
| S.W.A-TOOL – Metodyka badania składu morfologicznego odpadów komunalnych | 5 Program Ramowy Unii Europejskiej | przedakcesyjny | zrealizowany |
| System ciepłowniczy miasta Krakowa | Fundusz Spójności | 2004-2006 | zrealizowany |
| Szkoła nauczycielką życia | Mechanizm Finansowy EOG oraz Norweski Mechanizm Finansowy (2009-2014) | 2009-2014 | zrealizowany |
| Szlak Lasów Miejskich Krakowa - ochrona najcenniejszych biocenoz przed nadmierną presją turystów | Program Operacyjny Infrastruktura i Środowisko 2007-2013 | 2007-2013 | zrealizowany |
| Szybki start - pewny start | Sektorowy Program Operacyjny Rozwój Zasobów Ludzkich (SPO RZL) | 2004-2006 | zrealizowany |
| Śladem europejskiej tożsamości Krakowa – szlak turystyczny po podziemiach Rynku Głównego DOTACJE NA INNOWACJE | Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka | 2007-2013 | zrealizowany |
| Środowiskowe Centrum Zdrowia Psychicznego dla Dzieci i Młodzieży Kraków Południe | Program Operacyjny Wiedza Edukacja Rozwój 2014-2020 | 2014-2020 | zrealizowany |
| TASK4ISI - Transnational Action to advance SKills and competences FOR Inclusive entrepreneurship and Social Innovation | Interreg Central Europe (Program dla Europy Środkowej) | 2021-2027 | w trakcie realizacji |
